一是种养结合。这是我国目前畜禽粪污处理的主要方式。养殖场采用干清粪或水泡粪方式收集粪污。采用干清粪方式的，固体粪便经过堆肥或其他无害化方式处理，污水与部分固体粪便进行厌氧发酵、氧化塘等处理，在养分管理的基础上，将有机肥、沼渣、沼液或肥水应用于大田作物、蔬菜、果树、茶园和林木等。采用水泡粪方式的，粪污进行厌氧发酵、氧化塘处理，还田应用于农业生产。
二是循环利用。在奶牛场和鸭场应用比较多。养殖场主要是采用干清粪的方式，其做法就是通过控制生产用水，减少养殖过程中的用水量，场内实施污水暗道输送、雨污分流和固液分离，减少污水处理压力。处理后的污水可用于场内冲洗粪沟和圈栏等。固体粪便可通过堆肥、基质生产、牛床垫料、燃料等方式处理利用。
三是达标排放。目前，这种处理方式占的比重相对比较小，其原因一是粪污处理设备的成本高，给养殖场造成很大的压力；二是粪便本身是一种可再利用的资源。达标排放要求养殖场对污水通过厌氧、好氧等工艺处理后，出水水质达到国家排放标准，固体粪便通过堆肥等方式处理后，再利用。
四是集中处理。在养殖密集区，依托规模化养殖场或专门的粪污处理中心，对周边养殖场（小区、养殖大户）的粪便或污水进行收集并集中处理。
目前畜禽粪污的清理方式有很多种，一是人工清粪：人工清粪费用高，清理不彻底、不及时，而且人员不好找。二是刮粪板：由于刮粪板清理不干净，易造成疾病的二次感染。三是发酵床：发酵床对温度、湿度控制要求高，也需要养殖户懂得发酵床的原理。现在也面临原材料收集难度越来越大的情况，所以，实际操作难度大，相对成本高，易死床。四是PP传粪带，这种清粪设备在六年前非常流行，但是由于PP传送带易跑偏，易断裂，使用时限短，所以，很快被淘汰了。五是PVC传送带，是在PP传粪带的基础上改进的另一种传粪带，其特点是防跑偏，不易断裂，使用年限长。
粪便的处理方式：一是直接还田。二是做有机肥，通过对粪便进行堆肥腐熟发酵的方式，生产有机肥。三是通过化粪池与沼气池进行处理。对于沼气池需要说的一点是混凝土沼气池造价成本比较高，且不易修理，使用时，只能是坏一口造一口。
众所周知，粪便管理最大的难点是含水率，含水率越高粪污处理的成本越大，所以，生产中，我们要降低粪便的含水率。
对于养鸭场，为了降低粪便中的含水率可在饮水一侧做网格栏板，避免鸭在饮水过程中漏掉多余的水，这就避免了漏掉的水流到粪便中，从而降低粪便中的含水率。另外，在饮水线下面还设有一条清水沟，用于收集污水。
当然，鸭业的环保模式还有发酵床和废水处理模式等。对于养鸭的废水处理，基本可以参考养猪的废水处理模式。
对于种鸡、蛋鸡而言，要及时清理舍内粪便，粪便尽可能不在舍内折腾（是为了避免病原菌的散播），这是很重要的原则。同时，舍内粪便尽量保持干燥，要防止水线漏水，加强舍内通风。有的养殖场在刮粪时，由于粪便难清理干净，而加水刮粪，这种做法是不可取的。
对蛋鸡粪的处理，认为可采用“三段式”管理。第一阶段，舍内鸡粪的清理与收集。可通过传送带进行清理与收集。第二阶段，鸡粪从清出舍外至无害化处理场之间的运输与贮存。在运输与贮存的过程中，可能会改变粪便特性，还可能增加运输过程的污染风险、公共卫生、投诉等，建议运输前在粪便 中添加碳源性辅料来处理。第三阶段，蛋鸡粪的无害化处理与资源化利用技术。目前有四种处理方式: —是无处理，直接出售或施用；二是半处理（半发酵）后出售或施用；三是生产有机肥后出售；四是全自动饲养管理的养殖场直接出售。还有其他的处理方式如制取沼气、水产养殖、培育生物等。
此外，对于鸡粪生产有机肥应用到田间，我认为还需要解决三大问题：一是改变过去将粪便当作问题而去处理的概念，而是一开始就应该从有机肥产品市场上如何运营盈利作为顶层设计的出发点，主动利用畜禽粪便作为有机肥产品的原料；二要从市场和机制上获得创新，确保市场对有机肥或基质的需求，确保使用有机肥和基质有利可图，这样自然拉动大宗畜禽粪便原料的需求；三是有机肥质量参差不齐，市场监管不足。