重元寺初名重玄寺，始建于梁武帝天监二年（公元503年），与寒山寺、灵岩寺及保圣寺同时代。梁武帝萧衍以佛化治国。一时上行下效，全国崇佛。
某日傍晚，住在长洲县衙西北二里处的官员陆僧瓒，见官宅上空祥云重叠，便突发奇想，立即奏请梁武帝，主动建议舍弃自家官宅，在原地改建一座寺庙，并为寺庙取名“重云”。据记载，梁武帝欣然同意，并赐匾表示嘉许，匾额题为“大梁广德重玄寺”。“重云”被误为“重玄”，是奏章转抄上递过程中的差错。
重元寺一直兴盛到中唐时代。公元842年，唐后期武宗会昌二年，中国历史上最大的一次“灭佛”运动突然爆发。朝廷对僧人展开了残酷的迫害和杀戮。苏州城里的寺庙大量被毁，僧人纷纷迁出城外，有的在别处另建新寺。离苏州城三十里的唯亭镇便出现了一座新的重元寺。原名重元寺的上海静安寺，建于唐会昌三年，很可能和唯亭重元寺是同一时期、同一背景下的产物。吴越钱镠时代（公元908－932年），曾对重元寺进行过大规模的修葺。重修后的重元寺，仍是一座“巨刹”，规模宏大，殿阁崇丽，寺前有两座土山，两块异石立于庭前，一尊高丈余的无量寿佛铜像屹立于中央，十六尊罗汉环立两侧。另有别院五座。
重元寺在宋朝改名为承天寺。宋宣和年间（公元1119－1125年），又因朝廷禁止寺观桥梁以“天、圣、皇、王”等字命名，而改名为“能仁寺”。元代把重元寺在宋代的两个名字合二为一，称“承天能仁寺”。又有人叫它“双峨寺”，这很可能是因为寺前有两座土山，也可能是因为寺内两块异石的缘故。
清代因避康熙帝玄烨之讳，改“玄”为“元”，重元寺名就一直沿用。后重元寺在文革中完全损毁。2003年11月经江苏省人民政府批准恢复重建重元寺，并于2007年11月17日隆重开光，寒山寺住持秋爽大和尚兼任住持。
史上重元寺作为禅宗的佛教场所，香火极盛。重建后的重元寺，地处风景秀丽的阳澄湖半岛之中，最大的特色要属水上观音院内高达33米的观音圣像了，是体现重元寺莲花佛国、观音道场独特风貌的一处景观。寺庙的建筑有山门、天王殿、钟鼓楼、大雄宝殿等。大雄宝殿建筑面积达2100平方米，是国内寺庙中最大的单体建筑。寺庙前的观音岛上供奉着目前中国室内最大的高33米的观音主像。阳澄湖上远眺重元寺，雄伟的大雄宝殿气势恢弘，飞檐翘角的观音阁伟岸壮观，加上寺院层层推进的主体建筑和堪称海内巨制的观音像、铜腔皮革鼓、海岛观音壁以及能发出唐朝第一律第一声的铜钟等等，再现了当年重元寺的风采。
国内最高大的大雄宝殿
钟楼中悬吊唐朝第一声第一律梵音大钟
鼓楼中安置有国内最大的铜腔皮革鼓
水天佛国广场
观音大士阁
国内最高的水上观音阁
许愿池
中国室内最大观音主像
苏州唯亭阳澄湖畔—重元寺
寒山书院
2019年10月，苏州重元寺主动退出4A级景区，经江苏省文化和旅游厅复核检查，已做出同意其退出的决定。
重元寺
重元寺的恢复重建填补了古城苏州东面没有寺庙的空白，建成后的重元寺将成为苏州工业园区一道靓丽的风景线。
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