为确保无尘室工程洁净厂房的正常生产和工作，应设置一套较完整的自控装置，实现以下功能：洁净室空气洁净度、温湿度、压差监控、风阀调节、高纯气体、纯水和循环冷却水的温度、压力、流量的检测、气体纯度、纯水水质的监测等。在选择FFU风机外壳结构的时候，不但要考虑避免风机泄漏和消除运输与搬运期间带来的损坏，而且还要考虑能用消毒剂消毒，以及FFU使用的环境,因此zui好选用不锈钢或铝合金的材料作外壳。
在科学技术不断引进的基础上，工业化产品的更新也日益获得了进步，使得诸多产物呈现出高科技特点。这也使得人们对于工业车间的要求日益严格，因此在保证技术密集的基础上，设计者为了提高技术经济效益，在进行千级无尘室的设计时应设法尽可能地考虑一定的灵活性，以便使建成后的车间能随着科学技术的发展，方便地进行技术改造，适应产品换代或设备更新的要求。无尘室门窗上的缝隙分为固定缝隙和活动缝隙。性质不同在无尘室门、窗上所占比例也不同。无尘室门、窗密闭采取的气密措施也不完全相同。
无尘室FFU控制方式：目前FFU一般采用单相多速交流电机、三相多速交流电机和直流电机。电机的供电电压大致有110V、220V、270V、380V四种。电话和火警设备不能少,在无尘室工程厂房设置电话，对讲电话，可以减少人员在洁净区走动，减少发尘量，也可在万一发生火灾时及时与外部联系，也为正常工作联系创造条件。
无尘室噪音控制：FFU的风机一般为几台甚至几十台并联使用，当设计时要考虑FFU噪音的叠加，保证《洁净室厂房设计规范GB0073-2001》中明确规定“洁净室内的噪音级(空态),非单向流洁净室不应大于60dB，单向流、混合流洁净室不应大于65dB”的要求。因此在选择风机时zui好选择、压出式、直驱后径向叶片风机，这样可以降低整体噪音。