为减轻企业申报负担，申请高新技术企业认定、评审、综合审核、报备和奖励后补助全流程在线进行。不用报送纸质材料，为提，当申报系统受理的推荐企业达到一定数量后，省高企认定办将适时邀请，采用集中网评方式进行评审，无需企业到场答辩。各地市科技局、国家和省级高新区管委会科技部门负责本辖区的企业申报工作，在线做好申报资料审核、推荐工作。经推荐后，企业申报书不再退回和修改，可在系统查询申报进度和状态。
完成整体迁移的，高企资格继续有效，编号和有效期不变由迁入地认定机构给企业出具证明材料，并在“高新技术企业认定管理工作网”上公告。部分搬迁，由迁入地认定机构重新认定。高企资格期满当年，在通过重新认定前，所得税暂按15%的税率预缴，在年度汇算清缴前未取得高企资格的，应按规定补缴税款。高企资格期满当年，在通过重新认定前，所得税暂按15%的税率预缴，在年度汇算清缴前未取得高企资格的，应按规定补缴税款。
财务核算不规范是很多企业高企认定失败的一大主因，主要在于企业对于高企研发投入核算制度并不了解，由此造成了各种不合理或者各种失误。就研发费用大于管理费用而言，表面上来看也确实是有问题的，因为按照通常的企业会计准则，研发费用应该是管理费用科目下，自然是不会高出管理费用的。
建议企业认真理解和掌握研发核算管理的规则，尤其是在费用的归集过程中，要理清前后的逻辑关系，在真实性的前提下考虑到合理性、和性，避免数据的前后矛盾和逻辑错误，企业应健全研发项目独立核算体系。
?申请国家高新技术企业如何通过认定？
客观上存在的问题，就是企业自身资质问题。
客观问题可以从高新技术企业申报条件和四个评分项来总结：
(一)技术性指标不达标
1.高新领域无法界定。
由于此次高新领域的调整，原有的部分领域被删除或简化，同时新的领域在某些部分存在含糊，规定甚为笼统。因此不少企业无法找到完全贴合企业产品或高新技术的领域，从而导致企业在申报高新技术企业认定时出现领域选择不准确而无法通过评审的情况。
2.自主知识产权缺乏。
由于中国专利保护力度仍然在完善当中，当企业拥有了的技术后，一般不太愿意进行公开专利申请。这就导致很多企业虽然具有符合高新领域的技术或产品，其相应的技术等也的确达到国内甚至水平，但囿于专利申请的限制，依然无法达到申报高新技术企业认定的要求。