两虫是2种严重危害水质安全的致病性单细胞原生动物，其卵囊或孢囊具有个体微小、致病剂量低、抵抗环境选择性压力强、易造成两虫病爆发流行等特点，呈多发性分布，因而需要用两虫检测系统进行检测以保证水质。
首先，便于协同调整水处理方案，水中两虫越多就需更多的处理以期降低其在水中的含量。
其次，保护公众，因为两虫会影响饮用者身体健康，疾病后的救治成本远高于提前预防成本；
另外，一旦发生规模性得病，供水公司必将承担相应的法律责任。
EPA1623方法的操作简介：
“EPA1623方法”是由美国国家环保局制定的用于测定水中隐孢子虫和贾第鞭毛虫的标准方法。概括地说,该方法分为三部。，对水样进行过滤,收集水中的卵囊和孢囊；第二，利用磁分离来纯化过滤样品；第三，对纯化的样品通过荧光显微镜法来检测“两虫”的数量。
水样过滤：
将卵囊、孢囊及其他物质收集在过滤器上。该过滤器可用于实验室批量水样的过滤，也可以用于野外现场水样的过滤。
磁分离：
将离心后含有卵囊和孢囊的沉淀物用纯水混匀，并向其中加入磁分离试剂进行磁分离。其原理是：利用带有特异性的磁珠与样品中的目标产物G/C特异性抗原相结合，在磁场中选择性分离。
IFA 染色 & 镜检：
将卵囊和孢囊在井形载玻片上用磁荧光标记的单性和DAPI溶液着色后，用正置荧光和差分干涉相衬（DIC）显微镜对着色样本进行检测。
水中检测“两虫”的意义
鉴于它们的孢囊或卵囊在受生活污水污染的地表水、处理不良的自来水中均可检出。美国自来水协会对美国1976—1994年间水媒性流行病作了调查，从数据显示：饮用水中由病原微生物引起的流行疾病，其暴发率只占24.5%，但致病率却高达82.5%。其他一些国家也有类似的因供水而引起的病原微生物暴发。基于贾第鞭毛虫致病剂量为10－100个活性孢囊，致病剂量较低，隐孢子虫致病剂量为1－10个活性卵囊。因“两虫”的孢囊和卵囊对人的小剂量非常接近的，假定人饮水量为2.5L/天，以10Ｌ水样为一个采样单位，其中“两虫”的孢囊和卵囊的数量小于1个即是安全的。在1998年，英国是个对饮用水中“两虫”提出量化标准的国家。随着我国经济的发展和水源污染的加剧，以及生活方式的改变，发达国家遇到的问题很可能也出现在我国，所以应引以为戒、未雨绸缪，为了保障饮用水安全，实施供水，国家上述标准和国家的《城市供水水质标准》（CJ/T206-2005）都把这“两虫”作为微生物指标来考核，限值均是在10升水中不得检出1个孢囊或卵囊。
“两虫”检测方法及系统介绍
我公司推荐使用的Envirochek“两虫”检测方法是GB5749-2006和GB/T5750-2006《生活饮用水标准监测方法》中测定生活饮用水和水源水中贾第鞭毛虫和隐孢子虫的方法，也是GB/T5750-2006规定的两虫检测的仲裁法，同时也是美国EPA制定的测定水中贾第鞭毛虫和隐孢子虫的标准方法EPA1623 (EPA-821-R-99-66)。