常用的方法，如用无毒或低毒的原料代替高毒或的原料，用生物可降解物质代替生物难降解物质等。此外要尽可能地不用和少用排放标准中规定限止性物质，特别是一些要求严格的物质，这样就可以减轻废水处理的负担。例如现在对废水中的氨氮浓度有较严格的要求，这样就要求在生产中尽可能少用氨水或液氨。例如以前在调节废水pH时，有的处理工艺用氨水调节，则出水中的氨氮就会大大超标，也增加了废水的生化处理的难度。同样的原理我们应少用做氧化剂，少用硝基化合物、氯代烃做溶剂。
凝聚与絮凝结合在一起使用的过程为混凝过程。混凝在实验或工程上被经常应用，如先在水中投加硫酸亚铁等药剂，消除胶体粒子之间的静电排斥，然后再投加聚酰胺（PAM），使得微粒逐渐变大，形成肉眼可见的矾花，后产生沉降。利用多孔性固体（如活性炭）或絮体物质（如聚铁）将废水中的有毒有害物质吸附在固体或絮体的表面上或微孔内，达到净化水质的目的，这种处理方法称作为吸附处理。
废水的生物化学处理是废水处理系统中的过程之一，简称生化处理。生化处理是利用微生物的生命活动过程将废水中的可溶性的有机物及部分不溶性的有机物有效地去除，使水得到净化。事实上，我们对生化处理并不是很陌生的，天然的水体中存在着一条食物链，即大鱼吃小鱼，小鱼吃虾米，虾米吃小虫，小虫吃微生物，微生物吃污水，如果没有这条食物链，自然界就要乱套了。