产地不同：普通鸭蛋大部分都是在内陆小湖小泊中人工养殖的鸭子产的蛋，海鸭蛋是由海边城市天然放养的海鸭所产的蛋。
喂食饲料不同：普通鸭蛋一般以人工饲料或者湖中的淡水鱼为食，为了保证其质量以及产蛋的数量，一般主要还是人工饲料为主，而海鸭蛋是由海边城市天然放养的海鸭所产的蛋，其主要以海中的小鱼、小虾、小螺以及小蟹为食，无添加，这种海鸭十分肥美。
营养价值不同：食用海鸭蛋对人体多么有益，关键是其营养不仅丰富，但是其胆固醇含量还只是鸡蛋的50%，而普通鸭蛋营养价值就比海鸭蛋营养价值就逊色很多。
海鸭以捕食海边小海鲜为生，所以又形象的称之为叫弄潮鸭，海鸭蛋是中国南海北部湾海域国家红树林保护区、主要产区为湛江、防城港、北海、钦州、威海、广东台山等沿海地区的海边域涂滩养殖的海鸭所产的蛋。每次潮落，红树林里总会滞留有很多的小鱼、小虾、小蟹、小螺等海洋生物。这些高蛋白的天然饵料就变成了海鸭的美餐，使得海鸭体肥蛋多，蛋黄晶红，由此可见海鸭蛋与普通鸭蛋相比，营养价值是更高的。
咸鸭蛋的食用历史悠久，早在南北朝时的《齐民要术》中就有记述：“浸鸭子一月，煮而食之，酒食具用。”说的就是咸鸭蛋。很多地方都有腌制咸鸭蛋的习俗，在当涂有名的咸鸭蛋就是石臼湖红心咸鸭蛋。石臼湖水域宽广，无公害，无污染源，夏涨冬落，贯注长江，水质明净清澈，微甜呈中性；湖里的水草丰美，鱼、虾、螺、蚯蚓众多……当地自由放养的湖阳麻鸭，以此天然水生物为食，得其养份精华，故蛋心自然鲜红，含有丰富的蛋白质及人体所需的多种微量元素。