关闭整个系统和系统各部分，在制氮机吸附罐压力达到 0.6MPa 左右时，观察制氮系统是否正常工作。缓慢打开放空入口截止阀，调节流量至额定流量的 1/2（医院中心供氧系统）。调整氮气入口阀的开度来调节氮气的纯度和流量。由人员施工，避免发生泄漏现象。成品氮气出口至用气点之间的管路使用铜管或不锈钢管为（次采用新的镀锌管），采用焊接方式连接。电源和冷却水引至设备现场，备好配电盘、冷却水供应设施。 因而，药用高纯度制氮机设备在配套时，空压机进口前端就配有油水别离器和前端的精细过滤(其一则，二则别离油)。这样将压缩空气进行除油与冷冻干燥除水处理，将有效地提高了分子筛吸附才能和安稳性。
因为大气污染的存在，空气中的油蒸汽简单被碳分子筛所吸附，并难以脱附，填塞微孔而使分子筛失效。别的，水对碳分子筛而言尽管不是丧命的,但会使碳分子筛负荷添加，即影响其吸附O2、CO2等气体的才能。若结构描绘不妥就会因高速气流的冲击发作分子筛的跳动和彼此磨擦而粉化失效。应在吸附塔底部设置气流分部器，在顶部设置压紧设备，有效地防止这种表象的发作。各设备一般沿厂房墙面布置。空压机、冷干机应放在上风口或通风良好的地方，如果空压机后没有空气储罐，则空压机与冷干机之间的距离应尽可能大一些，二者之间的管路长度尽可能长一些，以利通过大气环境降低压缩空气温度。
观察测氧仪指示的氧含量是否符合要求。当氮气纯度达到要求后，再缓慢打开纯气出口截止阀，将流量调至所需的流量，关闭放空入口截止阀，当设备正常运转后即可投入使用。因为大气污染的存在，空气中的油蒸汽简单被碳分子筛所吸附，并难以脱附，填塞微孔而使分子筛失效。别的，水对碳分子筛而言尽管不是丧命的,但会使碳分子筛负荷添加，即影响其吸附O2、CO2等气体的才能。制氮机系统设备一般没有场地基础要求，只要厂房内平整地坪就能满足安装条件。但对于较大规格的空压机、压缩空气干燥设备等，则按生产厂家要求实施。