微生物的种类 不同类型的病原微生物对消毒剂抵抗力不同，因此，进行消毒时必须区别对待。
（1）细菌繁殖体 易被消毒剂消灭，一般革蓝氏阳性细菌对消毒剂较敏感，革蓝氏阴性则常有较强的抵抗力。繁殖体对热敏感，消毒方法以热力消毒为主。
（2）细菌芽胞 芽胞对消毒因子耐力，杀灭细菌芽胞的方法是热力灭菌，电离辐射和熏蒸法。在化学消毒剂中，能杀灭芽胞，但可靠性不如热力灭菌法。
（3）病毒 对消毒因子的耐力因种类不同而有很大差异，亲水病毒的耐力较亲脂病毒强。
（4）真菌 对干燥、日光、紫外线以及多数化学耐力较强，但不耐热（60℃1小时杀灭）。
杀灭微生物的机理
次氯酸是无机小分子，可以穿透微生物的细胞壁、细胞膜，破坏微生物的蛋白质、核酸等生命物质,导致微生物。
微酸次氯酸水可以用于卫生机构、各类公共场所、食品加工、餐饮店、家庭等多种场合各种对象的消毒,包括内窥镜、手术器械、疮口/创面、皮肤黏膜、带人空气、手部、物体表面和织物、水果蔬菜、餐饮具、二次供水设备设施的消毒等。
含氯消毒剂在处理原水时会有大量的卤代烃产生，包括三卤如以及氯代酚和等有机卤代物，已被美国国家研究所确认为致癌物质。
其次绝大多数含氯消毒剂刺激性强，气味重，腐蚀性强，一般稳定性也差。无表面活性作用：无增效。
含氯消毒剂可以用于疫源地消毒，户外环境、车辆、无人房间消毒、以及废弃物消毒。
含碘类消毒剂是以碘为主要杀菌成分制成的各种制剂。碘伏(Iodophor)－缓释型消毒剂：是碘与表面活性剂(载体)及增溶剂等形成稳定的络合物。安全、无毒、无刺激、缓释。溶于水，无需脱碘。
碘伏有非离子型、阳离子型及阴离子型三大类；其中非离子型碘伏是使用泛、安全的碘伏，尤其聚维酮碘(PVP-I)，我国及药典都已收入在内。
主要用于皮肤黏膜创口消毒、手术灭菌消毒。也可用于环境喷雾消毒。