无尘室的洁净度往往受到气流的影响，换言之，即人、机器隔间、建筑结构等所产生的尘埃之移动、扩散受到气流的支配。特别要保证气流的流通路径畅通无阻，因为在流通路径中有障碍物的话，容易产生空气空气涡流而形成空气的滞留区域，使得附近已发生的微粒子无法快速排除而长时间漂流在无尘室内，而一部分会附着在周边机器设备的表面而引起污染。无尘室系利用HEPA、ULPA过滤空气，其尘埃的收集率达99.97~99.99995%之多，因此经过此过滤器过滤的空气可说十分干净。然而无尘室内除了人以外，尚有机器等之发尘源，这些发生的尘埃一旦扩散，即无法保持洁净空间，因此必须利用气流将发生的尘埃迅速排出室外。
无尘车间地址的选择应符合有利生产、方便生活、节省投资和经营费用的原则。例：制药工业、医院（手术室、无菌病房）食品、化妆品、饮料产品生产、动物实验室、理化检验室、血站等。厂址应设在自然环境和水质较好,大气含尘浓度较低,地形、地物、地貌造成的小气候有利于生产、节能的区域,应远离大量散发粉尘、烟雾、有害气体和微生物的区域,如机场、铁路、码头、交通要道等,并在污染源和全年主导风向的上风侧面,且有一定的防护距离。无尘车间与交通主干道间距宜50米以上。
在高等级的无尘室中从天花板到地面，完全除去微粒子的空气须在0.3-0.4m/s的速度作垂直向下流动。优点：管理容易，运转开始短时间内即可达稳定状态，不易为作业状态或作业人员所影响。这是在约10秒内将室内空气和完全过滤空气完全交换所计算出来的数值。同时，空气的流向也必须要有精准的控制才行。特别要保证气流的流通路径畅通无阻，因为在流通路径中有障碍物的话，容易产生空气空气涡流而形成空气的滞留区域，使得附近已发生的微粒子无法快速排除而长时间漂流在无尘室内，而一部分会附着在周边机器设备的表面而引起污染。